Table 2

Haplotypes, frequencies, and LD for genes examined based on 94 cases and 95 controls

Gene	Size (kb)	Common haplotypes*	Haplotype frequency		Range of pairwise D′ values	Haplotype
Gene	Size (kb)	Common haplotypes*	Controls	Cases	Range of pairwise D′ values	p Value
*Allele 1 = major allele; Allele 2 = minor allele.
†Based on 162 cases and 188 controls.
ADPRT1†	47	1111	0.726	0.654	0.97–1.0	0.042
		2112	0.136	0.191
		2222	0.125	0.133
AhR	47	1111	0.535	0.633	0.88–1.0	0.017
		2221	0.236	0.17
		1212	0.089	0.122
CAT	33	1111	0.721	0.699	1.0–1.0	0.68
		2222	0.200	0.231
		2111	0.079	0.065
CYP1A1	6	21111	0.452	0.36	0.95–1.0	0.14
		11111	0.277	0.36
		12111	0.149	0.118
		12211	0.048	0.081
GPX1	1.4	11	0.458	0.468	0.99–1.0	0.87
		12	0.311	0.324
		21	0.232	0.207
NAT2	9.9	2212	0.431	0.335	0.99–1.0	0.19
		1121	0.332	0.378
		1111	0.179	0.223
SOD2	14	211	0.494	0.468	0.97–1.0	0.71
		112	0.232	0.229
		121	0.194	0.245
		111	0.074	0.059
CYP2D6	5	11	0.516	0.415	0.57–1.0	0.064
		21	0.279	0.388
		22	0.205	0.197
CYP2E1	11.7	111	0.678	0.685	0.05–0.70	n/a
		121	0.127	0.087
		212	0.116	0.054
EPHX1	35.4	1111	0.525	0.372	0.02–1.0	n/a
		1121	0.116	0.186
		2221	0.103	0.149
		1112	0.094	0.103
		2211	0.088	0.113
		1122	0.055	0.036
PON1	26.8	1211	0.282	0.197	0.13–1.0	n/a
		1122	0.164	0.131
		2111	0.159	0.18
		1112	0.115	0.091
		1121	0.079	0.071
		2121	0.07	0.084
		1111	0.068	0.137
		2211	0.035	0.092